يتولى مهام الرقابة و التدقيق الداخلي و تفتيش الفروع و أقسام الإدارة العامة و متابعة تنفيذ التعليمات المصرفية و تقارير الهيئات التفتيشية في المصرف و هيئات الرقابة الخارجية مع الجهات المعنية و متابعة تصفية موقوفات الحسابات المتبادلة الداخلية و الخارجية و متابعة تنفيذ الخطط السنوية للمصرف و التحقيق في المشاكل المتعلقة بزبائنه و موظفيه و ترتبط بالقسم الشعب التالية :-
أ. شعبة الرقابة و التدقيق الداخلي
ب. شعبة التخطيط
ج. شعبة المتابعة
د. شعبة التحقيق
ه. شعبة متابعة الحسابات المتبادلة
و.شعبة التدقيق للمعاملات